COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 4.342553 4.342553 3.396924
2020-10-03 17:00:00 4.084329 4.084329 3.333290
2020-10-02 17:00:00 3.483947 3.483947 3.274197
2020-10-01 17:00:00 3.756284 2.755296 3.209301
2020-09-30 17:00:00 2.968249 2.968249 3.140715
2020-09-29 17:00:00 3.073595 3.073595 3.085905
2020-09-28 17:00:00 4.618952 2.402219 3.015751

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 2.988691 2.988691 2.853206
2020-10-03 17:00:00 3.753351 3.753351 2.770489
2020-10-02 17:00:00 3.648548 3.648548 2.837174
2020-10-01 17:00:00 2.427184 2.427184 2.759188
2020-09-30 17:00:00 2.270484 2.270484 2.688107
2020-09-29 17:00:00 2.306425 2.306425 2.654066
2020-09-28 17:00:00 3.149606 0.364299 2.595559

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 3.517588 1.541850 2.666620
2020-10-03 17:00:00 3.428971 5.549264 2.647867
2020-10-02 17:00:00 1.714898 1.714898 2.554485
2020-10-01 17:00:00 3.514377 3.514377 2.451249
2020-09-30 17:00:00 3.624009 3.624009 2.410034
2020-09-29 17:00:00 0.637620 0.637620 2.358910
2020-09-28 17:00:00 3.763441 0.888325 2.251902

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 1.057906 1.057906 0.964207
2020-10-03 17:00:00 1.261830 1.261830 0.949498
2020-10-02 17:00:00 1.033295 1.033295 0.918150
2020-10-01 17:00:00 0.862069 0.862069 0.886025
2020-09-30 17:00:00 0.948867 0.948867 0.876596
2020-09-29 17:00:00 0.720981 0.542888 0.888640
2020-09-28 17:00:00 0.512821 0.274876 0.876058

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 7.147814 7.147814 6.584697
2020-10-03 17:00:00 7.108669 7.108669 6.465107
2020-10-02 17:00:00 6.371912 6.371912 6.217171
2020-10-01 17:00:00 5.217391 7.438489 6.019968
2020-09-30 17:00:00 5.783958 5.783958 5.894178
2020-09-29 17:00:00 6.058039 6.058039 5.665751
2020-09-28 17:00:00 11.451863 5.754413 5.485561

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 4.008959 2.284434 2.543696
2020-10-03 17:00:00 4.603087 2.783903 2.513902
2020-10-02 17:00:00 2.567738 2.418781 2.535179
2020-10-01 17:00:00 3.139287 3.139287 2.529480
2020-09-30 17:00:00 2.342301 2.342301 2.519737
2020-09-29 17:00:00 2.122074 2.122074 2.522795
2020-09-28 17:00:00 3.231939 3.231939 2.533503

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 4.065041 4.065041 3.518017
2020-10-03 17:00:00 3.747245 3.747245 3.458496
2020-10-02 17:00:00 3.567568 5.301205 3.357931
2020-10-01 17:00:00 3.251569 4.634146 3.242524
2020-09-30 17:00:00 2.295082 2.295082 3.085532
2020-09-29 17:00:00 2.836879 2.836879 2.961498
2020-09-28 17:00:00 0.583090 0.163265 2.871687

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 2.699414 2.699414 2.807999
2020-10-03 17:00:00 2.596757 2.596757 2.826157
2020-10-02 17:00:00 2.754591 2.754591 2.813085
2020-10-01 17:00:00 3.253530 3.253530 2.814814
2020-09-30 17:00:00 2.585252 2.585252 2.793029
2020-09-29 17:00:00 3.012380 3.012380 2.806350
2020-09-28 17:00:00 3.161996 3.161996 2.798197

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 9.664537 9.664537 7.686590
2020-10-03 17:00:00 7.366985 7.366985 7.610217
2020-10-02 17:00:00 7.349081 7.349081 7.504498
2020-10-01 17:00:00 6.479860 6.479860 7.430639
2020-09-30 17:00:00 3.105968 6.394641 7.294005
2020-09-29 17:00:00 6.742424 6.742424 7.225857
2020-09-28 17:00:00 10.834990 10.834990 7.202105

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 3.282459 3.282459 2.330636
2020-10-03 17:00:00 3.249008 3.249008 2.268926
2020-10-02 17:00:00 2.502037 2.502037 2.217218
2020-10-01 17:00:00 2.019447 2.019447 2.144509
2020-09-30 17:00:00 1.713555 1.713555 2.064280
2020-09-29 17:00:00 2.038562 2.038562 1.997759
2020-09-28 17:00:00 2.452597 0.995108 1.944490

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 5.258467 2.406417 2.313233
2020-10-03 17:00:00 4.466313 1.968206 2.336674
2020-10-02 17:00:00 3.550296 2.282333 2.403122
2020-10-01 17:00:00 2.676864 2.676864 2.397679
2020-09-30 17:00:00 2.918782 2.918782 2.465330
2020-09-29 17:00:00 3.026775 3.026775 2.496604
2020-09-28 17:00:00 2.304147 0.562746 2.509305

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 3.036437 0.809717 0.700409
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 0.756427
2020-10-02 17:00:00 0.858369 0.858369 0.802979
2020-10-01 17:00:00 0.411523 0.224719 0.853744
2020-09-30 17:00:00 1.190476 1.190476 0.876337
2020-09-29 17:00:00 0.840336 0.224719 0.912311
2020-09-28 17:00:00 0.569801 0.986436 0.961214

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 6.530612 6.530612 3.790954
2020-10-03 17:00:00 3.418803 3.418803 3.790202
2020-10-02 17:00:00 2.755906 2.755906 3.626435
2020-10-01 17:00:00 3.152174 4.148784 3.540652
2020-09-30 17:00:00 2.432046 2.432046 3.584017
2020-09-29 17:00:00 1.646091 3.448276 3.515599
2020-09-28 17:00:00 6.188119 6.188119 3.488007

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 5.923345 5.923345 5.735643
2020-10-03 17:00:00 9.538462 9.538462 5.761081
2020-10-02 17:00:00 5.349794 5.349794 5.484256
2020-10-01 17:00:00 7.619048 7.619048 5.386046
2020-09-30 17:00:00 3.645320 3.645320 5.177242
2020-09-29 17:00:00 2.857143 2.857143 5.038470
2020-09-28 17:00:00 17.699115 3.125000 4.895315

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 4.364279 4.364279 3.968144
2020-10-03 17:00:00 7.730673 3.657523 3.914356
2020-10-02 17:00:00 7.889049 4.538905 3.914857
2020-10-01 17:00:00 8.661417 3.613666 3.853890
2020-09-30 17:00:00 4.693539 3.175041 3.825246
2020-09-29 17:00:00 3.706449 3.706449 3.874547
2020-09-28 17:00:00 5.216426 5.216426 3.808893

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 9.079976 5.682502 3.661579
2020-10-03 17:00:00 4.198185 4.198185 3.565320
2020-10-02 17:00:00 2.924452 2.924452 3.515807
2020-10-01 17:00:00 4.102195 4.102195 3.436083
2020-09-30 17:00:00 3.282493 3.282493 3.374149
2020-09-29 17:00:00 2.615279 2.615279 3.293095
2020-09-28 17:00:00 5.232558 3.425961 3.244352

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 7.293035 7.293035 4.490269
2020-10-03 17:00:00 3.627853 3.627853 4.404657
2020-10-02 17:00:00 3.724395 3.724395 4.296773
2020-10-01 17:00:00 5.342237 5.342237 4.182412
2020-09-30 17:00:00 2.330896 3.048416 4.033874
2020-09-29 17:00:00 5.473965 5.473965 3.900213
2020-09-28 17:00:00 3.151618 3.151618 3.891780

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 3.606279 2.231850 3.692332
2020-10-03 17:00:00 4.659498 4.659498 3.627571
2020-10-02 17:00:00 3.678403 3.678403 3.601523
2020-10-01 17:00:00 4.040404 4.040404 3.600506
2020-09-30 17:00:00 4.460771 4.460771 3.518975
2020-09-29 17:00:00 3.920154 3.920154 3.436012
2020-09-28 17:00:00 6.845638 2.678220 3.396722

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 3.278689 3.278689 2.905330
2020-10-03 17:00:00 3.409484 3.409484 2.838889
2020-10-02 17:00:00 3.817186 3.817186 2.796818
2020-10-01 17:00:00 2.766571 2.766571 2.769719
2020-09-30 17:00:00 2.445985 2.445985 2.697808
2020-09-29 17:00:00 1.861083 1.141459 2.639808
2020-09-28 17:00:00 2.972028 2.972028 2.602481

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 6.153846 6.153846 3.897833
2020-10-03 17:00:00 3.562341 3.562341 3.737073
2020-10-02 17:00:00 5.950096 5.950096 3.537655
2020-10-01 17:00:00 4.125561 4.125561 3.369465
2020-09-30 17:00:00 4.397706 4.397706 3.183206
2020-09-29 17:00:00 1.762452 1.762452 3.033718
2020-09-28 17:00:00 3.353659 1.022780 2.887905

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 6.250000 6.250000 4.106546
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 4.388006
2020-10-02 17:00:00 9.734513 9.734513 4.306748
2020-10-01 17:00:00 0.714286 0.714286 4.155503
2020-09-30 17:00:00 4.109589 4.109589 4.092090
2020-09-29 17:00:00 8.791209 8.791209 3.905574
2020-09-28 17:00:00 1.612903 1.612903 3.791522

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-04 17:00:00 4.819055 4.819055 3.652894
2020-10-03 17:00:00 3.380282 3.380282 3.655023
2020-10-02 17:00:00 2.167991 3.708738 3.665178
2020-10-01 17:00:00 7.098421 3.126495 3.650263
2020-09-30 17:00:00 3.204466 3.204466 3.633726
2020-09-29 17:00:00 3.277154 3.277154 3.616493
2020-09-28 17:00:00 8.693587 3.765045 3.637538

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.988691 2.988691 2.853206
Basilicata 3.517588 1.541850 2.666620
Calabria 1.057906 1.057906 0.964207
Campania 7.147814 7.147814 6.584697
Emilia-Romagna 4.008959 2.284434 2.543696
Friuli Venezia Giulia 4.065041 4.065041 3.518017
Lazio 2.699414 2.699414 2.807999
Liguria 9.664537 9.664537 7.686590
Lombardia 3.282459 3.282459 2.330636
Marche 5.258467 2.406417 2.313233
Molise 3.036437 0.809717 0.700409
P.A. Bolzano 6.530612 6.530612 3.790954
P.A. Trento 5.923345 5.923345 5.735643
Piemonte 4.364279 4.364279 3.968144
Puglia 9.079976 5.682502 3.661579
Sardegna 7.293035 7.293035 4.490269
Sicilia 3.606279 2.231850 3.692332
Toscana 3.278689 3.278689 2.905330
Umbria 6.153846 6.153846 3.897833
Valle d'Aosta 6.250000 6.250000 4.106546
Veneto 4.819055 4.819055 3.652894
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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